Một đơn vị lực lượng đặc biệt được điều động để tìm kiếm một người duy nhất. Các phi cơ phản lực chiến đấu sẵn sàng để mở cuộc không tập nếu cần. Các phi cơ không người lái bay quần trên khu rừng rậm để tìm kiếm các hầm bí mật, trong khi các nhân viên tình báo thẩm vấn các du kích quân bị bắt. Trong khi quân đội Sri Lanka mở ra các trận đánh lớn để tiêu diệt phiến quân Hổ Tamil ở phía Bắc, họ cũng có những nỗ lực tìm kiếm, bắt giữ hoặc hạ sát Prabhakaran.

Nhiều giới chức quân sự tin rằng nếu bắt được Prabhakaran, hay là buộc ông ta phải bỏ chạy ra ngoại quốc, thì việc này sẽ đưa lực lượng phiến quân vào tình trạng tan rã nhanh chóng. "Nếu Prabhakaran chưa rời khỏi Sri Lanka thì chúng tôi trong thời gian ngắn sẽ bắt được ông ta," Bộ trưởng Quốc phòng Gotabhaya Rajapaksa nói trong một cuộc phỏng vấn trên đài truyền hình vào giữa tháng 1 năm 2009. Những người khác lại cho rằng sẽ không dễ gì bắt được người đã lẩn trốn sự truy lùng của chính phủ từ 25 năm nay trong cuộc nội chiến ở quốc gia này.

Với lực lượng chính phủ tiến sát cứ điểm sau cùng của phiến quân ở vùng đông bắc, giới hữu trách tin rằng Prabhakaran lẩn trốn trong khu vực được bố phòng kỹ lưỡng tại vùng rừng rậm Puthukkudiyirupu và Vishwamadu. Tổng thống Mahinda Rajpaksa nói rằng nếu Prabhakaran bị bắt, ông ta sẽ bị gửi sang Ấn Ðộ để bị xét xử về tội liên quan đến việc ám sát cựu Thủ tướng Rajiv Gandhi.